STATA教程之：Estout
上述表格都是在STATA窗口中的显示效果，并不是我们的最终目的。我们希望能够将表格制作和文章写作打通起来，实现完全自动化，从进行回归分析，到将表格加入到文章中，不需要进行任何手动的复制粘贴。将这一过程自动化的目的，是在不断修改回归的过程中，减少人为出错的概率。为了达到这个目的，我们需要使用estout 中的using .tex， 以及prehead, postfoot这几个选项。using x.tex将输出结果更改为tex格式，而prehead, postfoot分别包括了使得tex文档能够直接编译成pdf的tex代码。具体代码可见下图。
STATA在执行完上述代码后，会生成一个estout_eg.tex的文档。通过Latex编译这个文档，我们可以得到如下图所示的
HackRf应用：GPS静态欺骗
大心脏
-e RINEX 导航GPS星历文件（必要项）
-l GPS坐标位置 (静态模式) 如35.681298,139.766247,10.0
-T Overwrite TOC and TOE to scenario start time
-d 持续时间秒数(动态模式为300秒, 静态模式: 86400)
-o I/Q 采样数据文件(默认为: gpssim.bin)
-s Sampling frequency [Hz] (default: 如何使用IQ Option 2600000)
在cmd中运行Project1.exe -e brdc0050.16n -l 36.065162,120.32802,100 -b 8
使用命令hackrf_transfer -t gpssim.bin -f 1575420000 -s 2600000 -a 1 -x 0 -R发送仿真数据。指定GPS数据，指定频率为1575420000 即民用GPS L1波段频率，指定采样速率2.6Msps，开启天线增益，指定TX VGA(IF)为0（最大为47）。开启重复发送。
手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树
一般来讲，如果模型合适，最大似然法的效果较好。对于近缘序列，最大简约法用的假设最少，各种方法结果相似。而对于远缘序列，一般使用最大似然法或邻接法。对相似度很低的序列，邻接法往往出现 Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），严重干扰进化树的构建。对于各种方法构建分子进化树的准确性，Hall 认为贝叶斯的方法最好，其次是最大似然法，然后是最大简约法。其实如果序列的相似性较高，各种方法结果差别不大。
最大似然法和邻接法需要选择模型。对于蛋白质序列，一般选择 Poisson Correction（泊松修正）模型。而对于核酸序列，一般选择 Kimura 2-parameter（Kimura-2 参数）模型。
表 1. 构建进化树的常用软件
如何使用IQ Option
| 软件名称 | 简介 |
| Clustal X | 图形化的序列比对工具 |
| GeneDoc | 多序列比对结果美化工具 |
| BioEdit | 序列分析综合工具 |
| MEGA | 图形化比对，进化分析综合工具 |
| PAUP | 进化分析工具 |
| Phylip | 进化分析工具 |
| PhyML | 最大似然法建树工具 |
| PAML | 最大似然法建树工具 |
| MrBayes | 贝叶斯法建树工具 |
| FastTree | 最大似然法建树工具（速度快） |
| TreeView | 进化树显示工具 |
本文主要讲 FastTree 使用方法：
1. 在默认参数下，FastTree 比 PhyML 更准确，比 PhyML 快 100～1000 倍；
2 . FastTree 使用模型为：核酸进化模型：Jukes-Cantor 或者 GTR（generalized time-reversible）；蛋白进化模型：JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992)， WAG (Whelan & Goldman 2001) 或者 LG (Le and Gascuel 2008)
下载，安装 FastTree
Linux 64-bit executable (+SSE)
Multi-threaded executable (+SSE +OpenMP) (see usage guide)
Windows 32-bit command-line executable (如何使用IQ Option no SSE)
Linux 64-bit executable (+SSE)
Multi-threaded executable (+SSE +OpenMP) (see usage guide)
Windows 32-bit command-line executable (no SSE)
下载 Windows 32-bit command-line executable (no SSE) 后，是一个 FastTree.exe 文件，可以直接在 cmd 命令行程序中调用运行。
新建一个文件夹：比如在 D 盘目录下新建一个 FastTree 文件夹，将 FastTree.exe 程序放在 D:FastTree 目录下。
FastTree 运行（Windows 为例）
最大似然树构建：FastTree protein alignment file > tree
在目录 D:FastTree 生成.tree 文件，可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。
命令行：D:FastTree>FastTree -lg CIPK.phy >CIPK.tree
最大似然树构建：FastTree protein alignment file > tree
在目录 D:FastTree 生成.tree 文件，可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。
命令行：D:FastTree>FastTree -lg CIPK.phy >CIPK.tree
alignment file 格式
alignment file 格式如上图。
可以首先使用 Clustal X 比对序列：Alignment—Output Format Options—Phylip format
比对后，在比对目录下生成几个文件，其中.phy 后缀名文件是 FastTree 要使用的。
参考文献：
Hall B G. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences[J]. Molecular Biology 如何使用IQ Option and Evolution, 2005, 22(3): 792-802.
Price, M.N., Dehal, P.S., and Arkin, A.P. (2009) FastTree: Computing Large Minimum-Evolution Trees with Profiles instead of a Distance Matrix. Molecular Biology and Evolution 26:1641-1650.
Price, M.N., Dehal, P.S., and Arkin, A.P. (2010) FastTree 2 -- Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments. PLoS ONE, 5(3):e9490.
Jones D T, Taylor W R, Thornton J M. The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences[J]. Computer applications in the 如何使用IQ Option biosciences: CABIOS, 1992, 8(3): 275-282.
Whelan 如何使用IQ Option S, Goldman N. A general empirical model of protein evolution derived from multiple protein families using a maximum-likelihood approach[J]. Molecular biology and evolution, 2001, 18(5): 691-699.
Le S Q, Gascuel O. An improved general amino acid replacement matrix[J]. Molecular biology and evolution, 2008, 25(7): 1307-1320.
Sybase的安装、配置及使用（五）
O溺水的鱼0 于 2012-11-29 21:58:06 发布 29305 收藏 3
第五章 Sybase数据库的常用工具说明
Sybase 的数据库安装目录中提供了我们常用的几种工具，依次打开开始 -> 程序 ->Sybase ，这里只说明我们常用的几种工具。如下图：
1． Dsedit Utility
这个工具是设置 Sybase 的服务名称、绑定的 IP 地址和端口号等，如下图：
2． Server Config
Create AdaptiveServer… ：创建一个新的服务（类似于这里 REYPC ）
Config AdaptiveServer… ：配置一个服务（如配置这里的 REYPC ）
Remove AdaptiveServer.. ：删除一个服务（如删除这里的 REYPC ）
Upgrade AdaptiveServer.. ：升级一个服务（如这里的 REYPC ）
3． SQL Advantage
大部分对 Sql 如何使用IQ Option Server 肯定很熟悉，因为我们经常使用。这里的 SQL Advantage 就相当于 Sql Server 中的查询分析器，是我们执行 sql 语句的地方，登录界面如下图：
点击 Connect 连接后，我们就可以选择数据库并执行 SQL 脚本了。
4． Sybase Central Java Edition
这个工具就类似于 SQL Server 中的企业管理器，我们可以在这个工具中创建“数据库设备”和“数据库”，当然也可以创建角色、用户等等。在前面我们已经使用了该工具创建了名为“ MyDB ”的数据库，这里不再重复说明。
第六章 一些经验
1． 用 localhost 和 127.0.0.1 无法连接上 Sybase 数据
如果我们在创建 Server 的时候，绑定的 IP 地址，而我们通过工具比如（ Sybase Central Java Edition ）连接时输入的是 localhost ，或者是 127.0.0.1 ，则会出现连接被拒绝。可以通过 Dsedit Utility 工具来修改，参考第四章 Dsedit Utility 工具的使用；也可以修改安装路径 \sybase\ini\sql.ini 文件来修改，修改下面的红色字体为正确的 IP 地址，如 127.0.0.1 等。
如何使用IQ Option 2． Sql Advantage 连接查询出的结果集是乱码
当我们使用工具连接 Sybase 数据时，如果查询出的结果集是乱码，说明 如何使用IQ Option 如何使用IQ Option Sybase 数据库与我们的客户端工具使用的编码不一致。我们可以在连接时设置 Options 的“ Client Character ”为正确的字符集来解决，这里我们使用的是“ utf8 ”，见第四章“ SQL Advantage ”的设置。
STM32 ST-LINK Utility v4.0.0 支持win10。STM32 ST-LINK Utility软件主要的功能就是量产（批量下载代码的工具）。它也是比较实用的一个工具，当我们需要查看芯片FLASH数据时，可以很快定位查找到想要的数据（前提是没有添加保护）。 STM32 如何使用IQ Option ST-LINK Utility软件包含ST-Link驱动。若你安装了STM32 ST-LINK Utility软件，你的ST-Link就不用单独安装驱动了，可以直接使用（比如Keil、IAR在线调试、下载等）。 STM32 ST-LINK Utility软件除了可以快速读取FLASH数据外，还可快速读取STM32芯片型号、ID、版本等信息。
使用方法: 1.解压下载的sqladv-12_5.zip至任意目录下！ 2.编辑sqladv-12_5\ini目录下的sql.ini文件，添加想要连接的Sybase服务器信息。 文件sqladv-12_5\ini\sql.ini中有个示例： [syb1254] master=NLWNSCK,192.168.1.5,5000 query=NLWNSCK,192.168.1.5,5000 如何使用IQ Option 你新添加Sybase服务器的时候，仅需要在sqladv-12_5\ini\sql.ini文件的尾部 添加类似上面的信息。中括号中表示服务器名称，你可以自己起一个标记性的 名字。将192.168.100.2替换成你将要连接的Sybase服务器的IP地址，将8888 替换成Sybase服务器的监听端口。 注意：中间使用英文逗号分割。 3.双击目录sqladv-12_5下的“启动sqladv.bat”文件，即可运行SQL Advantage工具了。不要执行“sqladv.exe”这个文件，因为没有配置环境变量SYBASE。 直接执行 "start_sqladv.bat”即可。 4.打开SQL Advantage工具后，点菜单Server>Connect，在连接信息配置窗口中 其中Server列表中的Sybase服务名就是在第二步中配置的。Client host表示连接到Sybase 服务器中的客户端标志。 如何使用IQ Option 如果想配置网络包大小、大文本字段的长度、客户端字符集等属性，可以点Options. 按钮 成功连接到Sybase服务器后，查看数据库内的表，点菜单View>Pick Lists>Tables & Columns
STM32 ST-LINK Utility v4.0.0 支持win10。STM32 ST-LINK Utility软件主要的功能就是量产（批量下载代码的工具）。它也是比较实用的一个工具，当我们需要查看芯片FLASH数据时，可以很快定位查找到想要的数据（前提是没有添加保护）。 STM32 ST-LINK Utility软件包含ST-Link驱动。若你安装了STM32 ST-LINK Utility软件，你的ST-Link就不用单独安装驱动了，可以直接使用（比如Keil、IAR在线调试、下载等）。 STM32 ST-LINK Utility软件除了可以快速读取FLASH数据外，还可快速读取STM32芯片型号、ID、版本等信息。