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如何使用IQ Option

STATA在执行完上述代码后,会生成一个estout_eg.tex的文档。通过Latex编译这个文档,我们可以得到如下图所示的

STATA教程之:Estout

上述表格都是在STATA窗口中的显示效果,并不是我们的最终目的。我们希望能够将表格制作和文章写作打通起来,实现完全自动化,从进行回归分析,到将表格加入到文章中,不需要进行任何手动的复制粘贴。将这一过程自动化的目的,是在不断修改回归的过程中,减少人为出错的概率。为了达到这个目的,我们需要使用estout 中的using .tex, 以及prehead, postfoot这几个选项。using x.tex将输出结果更改为tex格式,而prehead, postfoot分别包括了使得tex文档能够直接编译成pdf的tex代码。具体代码可见下图。

PDF文档

STATA在执行完上述代码后,会生成一个estout_eg.tex的文档。通过Latex编译这个文档,我们可以得到如下图所示的

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IQOPTION API SUPPORTED BY COMMUNITY¶

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手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树

一般来讲,如果模型合适,最大似然法的效果较好。对于近缘序列,最大简约法用的假设最少,各种方法结果相似。而对于远缘序列,一般使用最大似然法或邻接法。对相似度很低的序列,邻接法往往出现 Long-branch attraction(LBA,长枝吸引现象),严重干扰进化树的构建。对于各种方法构建分子进化树的准确性,Hall 认为贝叶斯的方法最好,其次是最大似然法,然后是最大简约法。其实如果序列的相似性较高,各种方法结果差别不大。

最大似然法和邻接法需要选择模型。对于蛋白质序列,一般选择 Poisson Correction(泊松修正)模型。而对于核酸序列,一般选择 Kimura 2-parameter(Kimura-2 参数)模型。

表 1. 构建进化树的常用软件

如何使用IQ Option 如何使用IQ Option
软件名称 简介
Clustal X 图形化的序列比对工具
GeneDoc 多序列比对结果美化工具
BioEdit 序列分析综合工具
MEGA 图形化比对,进化分析综合工具
PAUP 进化分析工具
Phylip 进化分析工具
PhyML 最大似然法建树工具
PAML 最大似然法建树工具
MrBayes贝叶斯法建树工具
FastTree 最大似然法建树工具(速度快)
TreeView 进化树显示工具

本文主要讲 FastTree 使用方法:

1. 在默认参数下,FastTree 比 PhyML 更准确,比 PhyML 快 100~1000 倍;

2 . FastTree 使用模型为:核酸进化模型:Jukes-Cantor 或者 GTR(generalized time-reversible);蛋白进化模型:JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992), WAG (Whelan & Goldman 2001) 或者 LG (Le and Gascuel 2008)

下载,安装 FastTree

Linux 64-bit executable (+SSE)

Multi-threaded executable (+SSE +OpenMP) (see usage guide)

Windows 32-bit command-line executable (no SSE)

Linux 64-bit executable (如何使用IQ Option +SSE)

Multi-threaded executable (+SSE +OpenMP) (see usage guide)

Windows 32-bit command-line executable (no SSE)

下载 Windows 32-bit command-line executable (no SSE) 后,是一个 FastTree.exe 文件,可以直接在 cmd 命令行程序中调用运行。

新建一个文件夹:比如在 D 盘目录下新建一个 FastTree 文件夹,将 FastTree.exe 程序放在 D:如何使用IQ Option FastTree 目录下。

FastTree 运行(Windows 为例)

最大似然树构建:FastTree protein alignment file > tree

在目录 D:FastTree 生成.tree 如何使用IQ Option 文件,可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。

命令行:D:FastTree>FastTree -lg CIPK.phy >CIPK.tree

最大似然树构建:FastTree protein alignment file > tree

在目录 D:FastTree 生成.tree 文件,可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。

命令行:D:FastTree>FastTree -lg CIPK.phy 如何使用IQ Option >CIPK.tree

alignment file 格式

alignment file 格式如上图。

可以首先使用 Clustal X 比对序列:Alignment—Output Format Options—Phylip format

比对后,在比对目录下生成几个文件,其中.phy 后缀名文件是 FastTree 要使用的。

参考文献:

Hall B G. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences[J]. Molecular Biology and Evolution, 2005, 22(3): 792-802.

Price, M.N., Dehal, P.S., and Arkin, 如何使用IQ Option A.P. (2009) FastTree: Computing Large Minimum-Evolution Trees with Profiles instead of a Distance Matrix. Molecular Biology and Evolution 26:1641-1650.

Price, M.N., Dehal, P.S., and Arkin, A.P. (2010) FastTree 2 -- Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments. PLoS ONE, 5(3):e9490.

Jones D T, Taylor W R, Thornton J M. The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences[J]. Computer applications in the biosciences: CABIOS, 如何使用IQ Option 1992, 8(3): 275-282.

Whelan S, Goldman N. A general empirical model of protein evolution derived from multiple protein families using a maximum-likelihood approach[J]. Molecular biology and evolution, 如何使用IQ Option 2001, 18(5): 691-699.

Le S Q, Gascuel O. An improved general amino acid 如何使用IQ Option replacement matrix[J]. Molecular biology and evolution, 2008, 25(7): 1307-1320.

Sybase的安装、配置及使用(五)

O溺水的鱼0 于 2012-11-29 21:58:06 发布 29304 收藏 3

第五章 Sybase数据库的常用工具说明

Sybase 的数据库安装目录中提供了我们常用的几种工具,依次打开开始 -> 程序 ->Sybase ,这里只说明我们常用的几种工具。如下图:

1. Dsedit Utility

这个工具是设置 Sybase 的服务名称、绑定的 IP 地址和端口号等,如下图:

2. Server Config

Create AdaptiveServer… :创建一个新的服务(类似于这里 REYPC )

Config AdaptiveServer… :配置一个服务(如配置这里的 REYPC )

Remove AdaptiveServer.. :删除一个服务(如删除这里的 REYPC )

Upgrade AdaptiveServer.. :升级一个服务(如这里的 REYPC )

3. SQL 如何使用IQ Option Advantage

大部分对 Sql Server 肯定很熟悉,因为我们经常使用。这里的 SQL Advantage 就相当于 Sql Server 中的查询分析器,是我们执行 sql 语句的地方,登录界面如下图:

点击 Connect 连接后,我们就可以选择数据库并执行 SQL 脚本了。

4. Sybase Central Java Edition

这个工具就类似于 SQL Server 中的企业管理器,我们可以在这个工具中创建“数据库设备”和“如何使用IQ Option 数据库”,当然也可以创建角色、用户等等。在前面我们已经使用了该工具创建了名为“ MyDB ”的数据库,这里不再重复说明。

第六章 一些经验

1. 用 localhost 和 127.0.0.1 无法连接上 Sybase 数据

如果我们在创建 Server 的时候,绑定的 IP 地址,而我们通过工具比如( Sybase Central Java Edition )连接时输入的是 localhost ,或者是 127.0.0.1 ,则会出现连接被拒绝。可以通过 Dsedit Utility 工具来修改,参考第四章 Dsedit Utility 工具的使用;也可以修改安装路径 \sybase\ini\sql.ini 文件来修改,修改下面的红色字体为正确的 IP 地址,如 127.0.0.1 等。

2. Sql Advantage 连接查询出的结果集是乱码

当我们使用工具连接 Sybase 数据时,如果查询出的结果集是乱码,说明 Sybase 数据库与我们的客户端工具使用的编码不一致。我们可以在连接时设置 Options 的“ Client Character ”为正确的字符集来解决,这里我们使用的是“ utf8 ”,见第四章“ SQL Advantage ”的设置。

STM32 ST-LINK Utility v4.0.0 支持win10。STM32 ST-LINK Utility软件主要功能就是量产批量下载代码工具。它也是比较实用一个工具,当我们需要查看芯片FLASH数据时,可以很快定位查找到想要数据前提是没有添加保护。 STM32 ST-LINK Utility软件包含ST-Link驱动。若你安装了STM32 ST-LINK Utility软件,你ST-Link就不用单独安装驱动了,可以直接使用比如KeilIAR在线调试下载等。 STM32 ST-LINK Utility软件除了可以快速读取FLASH数据外,还可快速读取STM32芯片型号ID版本等信息。

使用方法: 1.解压下载sqladv-12_5.zip至任意目录下! 2.编辑sqladv-12_5\ini目录下sql.ini文件,添加想要连接Sybase服务器信息。 文件sqladv-12_5\ini\sql.ini中有个示例: [syb1254] master=NLWNSCK,192.168.1.5,5000 query=NLWNSCK,192.168.1.5,5000 你新添加Sybase服务器时候,仅需要在sqladv-12_5\ini\sql.ini文件尾部 添加类似上面信息。中括号中表示服务器名称,你可以自己起一个标记性 名字。将192.168.100.2替换成你将要连接Sybase服务器IP地址,将8888 替换成Sybase服务器监听端口。 注意:中间使用英文逗号分割。 3.双击目录sqladv-12_5下“启动sqladv.bat”文件,即可运行SQL Advantage工具了。不要执行“sqladv.exe”这个文件,因为没有配置环境变量SYBASE。 直接执行 "start_sqladv.bat”即可。 4.打开SQL Advantage工具后,点菜单Server>Connect,在连接信息配置窗口中 其中Server列表中Sybase服务名就是在第二步中配置。Client host表示连接到Sybase 服务器中客户端标志。 如果想配置网络包大小大文本字段长度客户端字符集等属性,可以点Options. 按钮 成功连接到Sybase服务器后,查看数据库表,点菜单View>Pick Lists>Tables & Columns

STM32 ST-LINK Utility v4.0.0 支持win10。STM32 ST-LINK Utility软件主要功能就是量产批量下载代码工具。它也是比较实用一个工具,当我们需要查看芯片FLASH数据时,可以很快定位查找到想要数据前提是没有添加保护。 STM32 ST-LINK Utility软件包含ST-Link驱动。若你安装了STM32 ST-LINK Utility软件,你ST-Link就不用单独安装驱动了,可以直接使用比如KeilIAR在线调试下载等。 STM32 ST-LINK Utility软件除了可以快速读取FLASH数据外,还可快速读取STM32芯片型号ID版本等信息。